La torre de Santa María es, sin duda, uno de los emblemas de la ciudad y es visitable. Con sus más de 70 metros de altura es un bello ejemplo del mudéjar aragonés, siendo la más alta que se conserva. Tiene planta octogonal, con contrafuertes en las aristas y estructura de alminar, con un eje central o contratorre interior, que descansa sobre una casamata de ladrillo, generando una capilla en la parte baja. Alrededor de este eje se desarrollan las escaleras que la traban con la torre exterior. 

Fue realizada en varias fases, la primera en torno a 1412, la segunda a finales de esa centuria o principios de la siguiente. El cuerpo de campanas, a principios del siglo XVII, coincidiendo con la construcción de la nueva colegiata, para rematarse en la segunda mitad del XVIII con el chapitel bulboso. El exorno decorativo de la torre se resuelve a base de frisos en ladrillo resaltado, formando esquinillas, cadenetas o ajedrezados que enmarcan paños de sebka.

El ábside presenta dos fases, la inferior está datada por algunos autores en el año 1249 mientras que la superior, claramente posterior, corresponde a la fábrica del templo actual realizada a principios del XVII.

El claustro, para algunos autores, es sin duda lo más antiguo de la iglesia, ya que podría ser en parte, la estructura de la antigua mezquita mayor. Frente a los demás claustros, de planta cuadrada, este tiene planta rectangular, y está orientado al sureste, hacia la Meca. Se tiene constancia de que en el año 1413, Benedicto XIII, el Papa Luna, autorizó en él la fundación de un Estudio General. Este fue el momento en el que se remodeló el espacio claustral, cubriéndolo con bóvedas de crucería simple cuyas claves aparecen decoradas en estilo gótico flamígero, excepto dos que lo hacen con motivos islámicos, un lazo de ocho y una cúpula agallonada, que son las que corresponden a los tramos del ángulo orientado sureste. La correspondiente al tramo de acceso a la iglesia lleva una gran B inicial de Benedictus y sobre paso, a modo de portada, se instaló un tímpano con yeserías propias del siglo XV y tres esculturas de ángeles con escudos. En la actualidad, el claustro es visitable y alberga un museo con bienes procedentes de la Colegiata, de iglesias desaparecidas de Calatayud y de algunos pueblos de la comarca. 

Destacan sus dos salas capitulares; la gótica es del siglo XIV, con una portada de corte cisterciense realizada en alabastro negro. En su interior se conserva la colección de pintura gótica, entre la que destaca el retablo de la Epifanía. La sala capitular nueva se cubre con una espectacular bóveda de yeserías, realizadas en la primera mitad del siglo XVII, y en ella se custodia la colección de orfebrería y el singular Peinador de la Reina, un mueble de ámbar regalado por la Sultana de Marruecos a María Luisa de Parma y que procede de la iglesia parroquial de Olvés.

Otro de los elementos más representativos de la Colegiata, Monumento Nacional desde 1884, es sin lugar a dudas la portada renacentista, realizada en alabastro de las canteras de Fuentes de Jiloca. Contratada en 1525 con los maestros Juan de Talavera y Esteban de Obray, es un bello ejemplo del primer renacimiento aragonés. La portada se estructura a modo de retablo, con sotabanco, banco cuerpo central de tres calles y ático. El conjunto se protege con un elegante tejadoz de madera policromada.

Unas puertas de madera labrada con relieves similares de la decoración de la portada dan acceso al templo, hoy en proceso de restauración. Más allá de las hipótesis de que la actual colegiata se levantase sobre el solar de la antigua mezquita mayor las fuentes escritas nos remontan al año 1249 cuando se consagró la primitiva iglesia. El viejo edificio medieval, probablemente ampliado y mejorado en los siglos XV y XVI, fue sustituido en los primeros años del siglo XVII por un magnífico templo clasicista, cuyas obras finalizaron en torno a 1614-1615.  El nuevo templo consta de tres naves, más ancha la central, cubiertas con bóvedas de arista decoradas con casetones de yeso cortado, mientras que el crucero lo hace con una cúpula con tambor sobre pechinas.

El viejo ábside mudéjar se respetó y recreció en altura para en 1614 instalar el monumental retablo mayor, de madera dorada y policromada. Fue realizado por los escultores Jaime Viñola y Pedro de Jáuregui, mientras que del dorado y policromado se encargó Francisco Florén, teniendo como resultado una excelente muestra de la producción artística, del periodo romanista, en los talleres bilbilitanos de la época.

Considerada por algunos autores como una de las “primeras parroquias fundadas tras la reconquista”, la iglesia de San Andrés y, sobre todo su torre, es uno de los emblemas de la ciudad de Calatayud. Se trata de un edificio de tres naves, con crucero no acusado en planta. Los cuatro primeros tramos se cubren con bóvedas de crucería simple sobre arcos formeros apuntados, ligeramente túmidos, a excepción del cuarto de la nave central, que se cubre con una cúpula oval ciega que ocupa la plaza del antiguo cimborrio mudéjar. En una reforma efectuada en el siglo XVI añadió un tramo más a la cabecera y transformó el ábside, que solo se acusa en la nave central. Las bóvedas que cubren esta zona ampliada son de crucería estrellada. A raíz de la restauración realizada en el año 1990, la iglesia se pintó en varios colores, con la intención de hacer más elocuente al visitante la diferenciación de las distintas etapas constructivas, ya que su origen ha planteado un interesante debate.

Algunos autores esbozan la sugerente hipótesis de que la parte más antigua del edificio, correspondiente a los cuatro tramos de las tres naves ubicadas entre el crucero y los pies, sean los restos de una antigua mezquita, datada entre los siglos XI y XII. Este espacio, que en la actualidad aparece pintado de blanco, se cubre con bóvedas de crucería simple. Es muy probable que en origen estuviese cubierto por una techumbre de madera, que habría sido sustituida en 1462 por las bóvedas actuales. Otros, por el contrario, afirman que se trata de un edificio del siglo XIV, ampliado en el XVI. Pero en lo que todos coinciden es en la belleza de su singular torre, una de las más interesantes del mudéjar aragonés. 

La estructura de la torre es heredera de los alminares de tradición hispano-musulmana y presenta, al igual que la de Santa María, una contratorre interior bajo la cual se conforma el espacio del baptisterio actual, que alberga una espectacular pila bautismal de alabastro tallado en la segunda mitad del siglo XVI. Presenta al exterior tres tramos de igual altura, con un rico exorno decorativo realizado en ladrillo resaltado; los dos inferiores corresponden a la parte más antigua, datada en los albores del siglo XV, mientras que el cuerpo de campanas fue realizado entre 1506-1509. Finalmente, el chapitel fue realizado en 1756. La decoración de la torre de San Andrés es exquisita y compleja, a base de frisos de esquinillas, esquinillas a tresbolillo, paños de sebka, paños de cruces rehundidas, óculos ciegos, celosías y unos interesantes motivos triangulares que algunos autores han relacionado con decoraciones de edificios de Yemen y Egipto.

Se ha transmitido secularmente que cuando el rey Alfonso I el Batallador conquistó Calatayud, una estrella brilló durante varias noches sobre uno de los cinco castillos que conformaban el recinto fortificado islámico de la ciudad, a la vez que se oía el débil tañido de una campana. Sorprendidos, los habitantes de la zona buscaron en el castillo el origen de este prodigio y bajo él, en una cueva, encontraron una campana. Al levantarla hallaron la imagen de la Virgen, que se llamó de “La Peña”. En esa fortaleza se levantó un santuario en honor a esta imagen de la Virgen, convirtiéndose en la patrona de la ciudad.

Hay noticias de que, hacia 1180, esta parroquia fue elevada al rango de colegiata, con prior y doce canónigos. En 1187, Alfonso II el Casto ratificaba las propiedades y privilegios, situación que se mantuvo hasta 1632, momento en el que, por las pretensiones de Calatayud para convertirse en sede episcopal, las rentas y propiedades de la Colegiata de la Virgen de la Peña se unen a las de la Colegiata de Santa María, perdiendo la primera este rango.

Su estratégica situación provocó que en diferentes avatares históricos fuese destruida y reconstruida en varias ocasiones.  El primitivo templo fue sustituido en 1343 por otro, probablemente mudéjar. Pocos años duró, pues quedó parcialmente destruido en la guerra de los Pedros, en 1362, reconstruyéndose años más tarde bajo el reinado de Martín I El Humano, adoptando la tipología de iglesia fortaleza, muy similar a las realizadas por aquella época en Tobed y Torralba de Ribota. De esta antigua fábrica sólo se conserva la triple capilla de la cabecera, excavada en roca y oculta tras el muro sobre el que se asienta el retablo mayor; las dos capillas laterales del primer tramo del presbiterio; y los restos del camino de ronda o adarve, que se asentaban sobre ellas, ya que tras la Guerra de la Independencia y posteriormente la primera Guerra Carlista, hubo de ser reconstruido casi en su totalidad. La desamortización de 1835, que devastó una gran parte del patrimonio artístico de Calatayud, afectó también a este santuario, quedando temporalmente abandonado. 

En el contexto de la insurrección anarquista que se extendió por gran parte de España, en la noche del 8 al 9 de diciembre 1933, un incendio provocado destruyó la cabecera de la iglesia, perdiéndose tanto el retablo mayor como las pinturas murales que se habían realizado hacia 1877 y la bella imagen románica de la Virgen sedente con el niño en sus brazos. En la actualidad pueden verse reproducciones de lo perdido realizadas años después. 

Como ya se ha dicho aún se conservan restos del templo medieval; las dos capillas que se ubican en el tramo más cercano a la cabecera. Puestas bajo la advocación de la Virgen de la Sierra y san Francisco Caracciolo, esta última aparece cubierta con unas bellas labores de yeso tallado que dan una idea de la riqueza ornamental con la estuvo decorado este templo hasta los desafortunados incidentes del siglo XIX. Las labores de filigrana en yeso recubren esta bóveda de crucería simple, plantean un programa ornamental muy similar al de la capilla del Palacio de los Liñán en Cetina y pueden datarse en la segunda mitad del siglo XV.

La inconfundible estampa de la torre inclinada de la iglesia de San Pedro de los Francos preside la que fue calle principal de la ciudad, la Rúa de Dato. Erigida en torno a las primeras décadas del siglo XIV, a lo largo de los siglos ha sido escenario de importantes acontecimientos históricos. Tras la muerte de Marín el Humano acogió, en 1411, la asamblea de notables que intentaba resolver la cuestión sucesoria, resuelta posteriormente en el Compromiso de Caspe. Fue el lugar donde, el 11 de octubre de 1461, Fernando el Católico juró como heredero de la Corona de Aragón y San Jorge fue erigido patrón de Aragón. Por último, en 1978 se celebraron primeras Cortes Constituyentes de la Autonomía Aragonesa.

La portada, labrada en piedra sillar es un buen ejemplo del gótico levantino de principios del siglo XV. Se cobija bajo un monumental alero y se decora un Juicio Final con Cristo en Majestad entre la Virgen y San Juan, ocupando el tímpano, y las esculturas de San Pedro y San Pablo a ambos lados de la puerta.

La torre se levanta junto a la portada; es de planta cuadrada y probablemente desde su construcción presentó una acusada inclinación, motivo por el que el cuerpo de campanas se derribó en 1840 cuando Isabel II pernoctó en el palacio de los Barones de Warsage. 

El interior es de planta de salón. Consta de tres naves de igual altura y la central de doble anchura que las laterales. Cada una de las naves remata en la cabecera en un ábside poligonal. Dos de los  ábsides, en el exterior, quedan parcialmente ocultos por otras edificaciones, pero en el del lado de la epístola puede verse cómo la obra se empezó en piedra de sillería, perfectamente labrada, para continuar con la fábrica de ladrillo. Los ábsides, en su parte superior, se decoran con frisos de ladrillo resaltado.

En su interior destaca el órgano, del siglo XV, que se ubica sobre un excepcional pie de madera labrada con tracerías góticas, probablemente realizado por carpinteros mudéjares. Son también de notable interés el retablo mayor, realizado por los escultores bilbilitanos Pedro Virto y Bernardo Ibáñez entre 1653-54, mientras que el dorado y policromado fue realizado por Juan de Lobera y sus hijos entre 1654 y 1658.

Otra pieza excepcional que se conserva en esta iglesia, pero que procede del antiguo convento de San Benito, es el retablo dedicado a San Íñigo Abad de Oña, patrón de Calatayud. Realizado en los primeros años del siglo XVI es un buen ejemplo de la calidad artística de los talleres de escultura que estuvieron activos en la ciudad en esa época.

Otro de los monumentos más singulares y representativos de la ciudad es la Basílica Colegiata del Santo Sepulcro. Tras el polémico testamento de Alfonso I El Batallador, en el que dejaba en herencia el reino a las órdenes del Temple, el Hospital y el Santo Sepulcro, el conde de Barcelona Ramón Berenguer IV, marido de la reina Doña Petronila, concedió a la Orden del Santo Sepulcro de Jerusalén unos terrenos en Calatayud, además de otras propiedades, en compensación a la renuncia sobre los derechos del citado testamento.

En 1156 se consagró el primer templo, que fue ampliado posteriormente en 1249. Tras la Guerra de los Pedros (1356-1369), el edificio fue de nuevo sustituido por un nuevo complejo conventual del que solo quedan restos del claustro mudéjar y un espacio conocido como las caballerizas. El templo actual se construyó entre 1605 y 1613, bajo la dirección de Gaspar de Villaverde, siguiendo los modelos del manierismo clasicista.

Su sobria y rotunda fachada, de ladrillo, sobre basamento de piedra, presenta tres cuerpos en que sobresale en altura el central y los laterales se rematan con torres. Consta de tres puertas y sobre la central descansa un relieve en mármol del Santo Sepulcro. El interior consta de tres naves, la central de mayor altura. El crucero se cubre con una gran cúpula sobre pechinas, con tambor y linterna. El tambor alterna vanos de iluminación con hornacinas en las que aparecen esculturas de ángeles portando los atributos de la Pasión. La cabecera remata en un ábside semicircular en el que se ubica el coro, tras el retablo mayor, con sillería coral labrada en madera de nogal realizada 1640. 

Es posible que el Santo Sepulcro de Calatayud sea una iglesia única en el mundo, ya que todos sus retablos, ubicados en los lados del crucero y en las naves laterales, plasman en distintas escenas de la Pasión de Cristo formando un elegante y uniforme conjunto.

El templo está presidido por la capilla mayor. Un suntuoso espacio, realizado hacia 1770,  en mármoles y jaspes, en el que dos órganos flaquean un monumental baldaquino de madera dorada, sobre columnas de jaspe, que cobija la imagen de Cristo yacente junto a Nicodemo y José de Arimatea y que remata en la parte superior con la imagen de Cristo Resucitado en madera cubierta de estuco.  

En los lados del crucero se abren dos capillas; la del lado de la epístola está dedicada a la Virgen del Carmen, aunque en el retablo, detrás de la  titular, puede verse a la de Guadalupe. En el banco de este retablo se conservan las reliquias de San Valentín. En la capilla del evangelio hay un retablo dedicado a Nuestra Señora de Bolduc, del siglo XVII, y las imágenes de la Inmaculada Concepción, San Jorge, San Miguel y San José, napolitanas del siglo XVIII.

En la actualidad, la Colegiata sigue siendo el escenario de las ceremonias que anualmente realizan los caballeros y damas de la orden del Santo Sepulcro de Jerusalén.

A finales del siglo XVI la Compañía de Jesús se instaló en la ciudad con la intención de fundar un colegio en el que desarrollar su tarea docente y apostólica.  Entre los siglos XVII y XVIII, aquella pequeña fundación se había convertido en un monumental conjunto de edificios, compuesto principalmente por la iglesia, puesta bajo la advocación de la Virgen del Pilar, el convento y el seminario de nobles, por el que pasaron personalidades como Baltasar Gracián o Nicolás y Leandro Fernández de Moratín.

En 1767, tras el decreto de expulsión promulgado por Carlos III, los jesuitas abandonaron la ciudad dejando vacío el monumental complejo religioso educativo.  Las autoridades bilbilitanas no tardaron en buscar nuevos usos para los edificios vacíos. El concejo tomó la decisión de cerrar los viejos hospitales diseminados por la ciudad y crear uno nuevo en lo que había sido el Seminario de Nobles, que estuvo activo hasta las últimas décadas del siglo XX. En la actualidad, alberga la sede de los juzgados y la biblioteca municipal.

Las dependencias conventuales, anexas a la iglesia, se adaptaron como hospicio, institución que estuvo en funcionamiento hasta la década de los años 70 del siglo XX, momento en el que, tras su cierre, pasaron a convertirse en la sede del Centro Asociado de la UNED de Calatayud. Por su parte, la iglesia se convirtió en parroquia en 1771, cambiando su advocación por la de San Juan tras la clausura y derribo de la iglesia más antigua de la ciudad, la de San Juan de Vallumpié. 

Nos encontramos ante un edificio barroco que sigue al pie de la letra la planta jesuítica. Una sola nave con capillas entre contrafuertes, comunicadas entre sí, que a su vez sirven de apeo a la tribuna corrida que se abre a la nave central. En el crucero se abre la cúpula sobre pechinas decoradas con las imágenes de los Santos Padres de la Iglesia, pintados hacia 1767 por Francisco de Goya. La cabecera se cubre con una bóveda decorada en estuco, como una gran concha, que enmarca el retablo mayor. Fechado en el último tercio del siglo XVIII, está presidido por una imagen de San Juan Bautista realizada por Damián Forment en el siglo XVI. Desde el crucero se accede a la sacristía y a la antigua sala capitular, habilitada como museo, donde destaca un banco de terno mudéjar del siglo XV y las puertas de un armario relicario que algunos autores atribuyen a asimismo a Francisco de Goya.

A los pies del templo, sobre la puerta principal y enmarcado por las tribunas cerradas con celosías, encontramos el impresionante órgano barroco de la segunda mitad del siglo XVIII y en perfecto estado de funcionamiento.

Además de los monumentos destacados, Calatayud conserva otros que sin duda alguna tienen notable interés. Junto a la puerta de Terrer nos encontramos con dos grandes edificios de finales del siglo XVIII o principios del XIX. El primero es el convento de la Visitación, cerrado desde que la comunidad de salesas abandonase la ciudad en la década de 1990. El segundo es el antiguo palacio de la Comunidad, sede de la efímera Provincia de Calatayud entre 1822-1823 y en la actualidad sede de la Comarca de la Comunidad de Calatayud. Frente a ellos se levanta el Convento de San Alberto, cuya iglesia se ha convertido en el museo de la Semana Santa y el resto de oficinas conventuales en el Museo de la Ciudad.

En la plaza de la Colegiata de Santa María se levantan el palacio episcopal, de finales del siglo XVIII, y el antiguo palacio renacentista de los Pujadas, que alberga las oficinas de la Oficina Delegada del Gobierno de Aragón. En el entorno de la Plaza del Olivo encontramos el Arco de San Miguel, que en la actualidad alberga un negocio de hostelería; el oratorio del Buen Parto, con un interesante retablo de trampantojo; y los palacios de Erlueta, Lahoz y Sessé, magníficamente restaurados gracias a iniciativas privadas. La Puerta de Zaragoza, junto a la iglesia del Sepulcro, es otra de las entradas a la ciudad. Y hablando de arquitectura civil no podemos olvidarnos del Mesón de la Dolores, que ocupa un vetusto edificio de principios del siglo XVI y en cuyo interior hay un museo dedicado al mítico personaje que inspiró la famosa copla.

Otros dos edificios de interés son los Convento de Capuchinas y el de San Benito. Del primero solo se conserva de su fábrica original la iglesia, construida en 1684. Es un templo de una sola nave con crucero y cabecera recta cuyas bóvedas se decoran con yeserías. Es notable el conjunto de retablos de trampantojo en el que destaca el mayor, dedicado a la Purísima Concepción, realizado por Jerónimo Secano en 1683. El segundo, dedicado a San Benito de Nursia, fue abandonado por sus moradoras hacia 1970, pasando posteriormente a manos privadas que transformaron parte de sus instalaciones en hotel, en el que destacan los restos de la primitiva iglesia medieval en lo que hoy es el restaurante. Por otra parte, la iglesia, que hasta el siglo XIX había sido parroquia, fue restaurada y convertida en una sala polivalente. Destaca en su interior el interesante conjunto de yeserías que cubren sus bóvedas y, sobre todo, las que decoran la capilla de San Íñigo de Oña, patrón de Calatayud.

El legado arquitectónico del siglo XX también es digno de ser mencionado, pues Calatayud conserva algunos edificios civiles construidos en las primeras décadas de la citada centuria, como por ejemplo el Instituto Miguel Primo de Rivera, hoy Leonardo de Chavacier, construido en 1928; el monumental e interesante Banco de España, que en la actualidad alberga dependencias municipales; el chalet de los Sánchez, construido en 1927, que forma parte de un complejo hotelero; o el silo de Trigo que hoy es la sede de la D.O.P. Calatayud.